どうしても一時出国しなければなりませんが、更新申請中です。大丈夫ですか?

期間更新や在留資格の変更申請の結果待ちであるときでも、一時出国はできます。ただ、出国している間に在留期限が過ぎてしまったらどうなるのでしょうか。