質問
①新型インフルエンザに感染したり，
②居住している地域で新型インフルエンザが発生し，当該地域の往来が封鎖されたりしたなど，
新型インフルエンザが原因で，在留資格の変更や在留期間の更新申請を在留期間内に行うことができなかった場合は，どうすればいいのですか？退去強制されるのですか。
回答
完治後（なおったあと）又は封鎖解除後（住んでいるところの封鎖がかいじょされたあと）に申請してください。
新型インフルエンザに限らず，
災害，疾病，事故など本人に責任のない事情のため在留期間をすぎた場合（本人が１６歳に満たない者であるときは，本人にかわって申請を行う者についてこのような事実がある場合。）は，
（※ たとえば、親が新型インフルエンザにかかって、16歳より小さい子供の申請ができない場合などです。）
在留期限がすぎたことだけを理由として退去強制手続はとりません。
申請を受け付けます。
申請できる状態になったら，すみやかに近くの地方出入国在留管理局に相談してください。
※要するに、期限内に申請できなかったのは、本人の責任じゃないので申請を受け付けます、ということです。
出典：「出入国在留管理庁ホームページ Q＆A」 Q２５を参照
http://www.moj.go.jp/isa/applications/guide/kanri_qa.html
ご参考になれば幸いです
